El Dr. Max Thorek fundó el Colegio Internacional de Cirujanos (ICS) en 1935, con el objetivo de promover el intercambio de conocimientos quirúrgicos en todo el mundo. El Museo fue concebido originalmente como el Salón de la Fama de ICS y como un depósito de su creciente colección de instrumentación quirúrgica, obras de arte y manuscritos de importancia histórica. 

A partir de 1950, gracias a los esfuerzos del Dr. Thorek, el Museo recibió donaciones adicionales de objetos y obras de arte de muchas de las secciones nacionales del ICS, cirujanos y coleccionistas individuales y otras instituciones. Llegaron envíos de artefactos, pinturas, esculturas y libros, y el Museo comenzó a tomar forma. Para albergar el Museo, se adquirió una mansión histórica junto al lago, adyacente a la sede de ICS.

El Museo abrió al público el 9 de septiembre de 1954. Una de las primeras exhibiciones que se instaló fue el Salón de los Inmortales, que contiene doce grandes estatuas de piedra de grandes figuras en el campo de la medicina y las ciencias afines. En referencia adicional a los grandes científicos, cirujanos y descubrimientos del pasado, se creó una Sala de Murales con una serie de grandes pinturas que representan el desarrollo de la ciencia quirúrgica a través de los siglos.

En 1959, el Museo marcó la dedicación de las galerías dedicadas a Francia, México, España y los Países Bajos, con muchas más de estas salas nacionales inauguradas en los años siguientes. Los líderes fundadores del Museo esperaban hacer que la colección fuera significativa para el público organizando exhibiciones por nación. Cada habitación, pasillo y rellano de escalera se dedicó a la colección histórica de una nación o región con la intención de rastrear la contribución de una nación en particular a la cirugía.

A partir de 1990, se desarrollaron nuevas exhibiciones basadas en temas históricos y disciplinas quirúrgicas.

Durante las últimas dos décadas, el Museo Internacional de Ciencias Quirúrgicas ha logrado un progreso significativo en el fortalecimiento de sus programas educativos y exhibiciones, así como en la conservación de sus destacadas colecciones y edificio histórico. Hoy, los cuatro pisos del Museo están llenos de artefactos extraordinarios que interpretan lo prehistórico a través de prácticas curativas contemporáneas.